Surge a Quinta Criança, Kaworu Nagisa, um garoto misterioso que desperta em Shinji a mesma impressão de Rei. Quando chega à NERV, Kaworu já implica com Asuka, que não consegue se sincronizar com o EVA, o que deixa a menina muito desestabilizada emocionalmente.

Em meio a essa situação, ocorre o ataque de um novo Anjo, que ataca Asuka psicologicamente, fazendo-a lembrar de seu amargo passado com sua mãe… Será que ela conseguirá salvar o seu orgulho ferido? Ou é o fim da linha para a Terceira Criança?